ロボット工学の分野で名を馳せる天才少年、ジェイソン・フラドニック。彼はある日、謎の生物“フレッド”を追って、地底世界に迷い込み、一台の車両を見つける。

超惑星間万能戦闘車両“ソフィア－Ⅲ”。地球外のテクノロジーで作られたその車両は、地底に巣食う謎のミュータントへの唯一の対抗手段だった。

ソフィア－Ⅲに乗り込みフレッドを探す冒険の途中、ジェイソンは、ソフィア－Ⅲのサポートロイド“イヴ”と出会う。フレッドの探索やミュータントとの戦いで協力し合う中で、二人は絆を深めていった。そして、超次元空間でコア・ミュータントを倒し、その脅威から地球を救ったのだった。

―しかし、彼らに訪れた平穏は長くは続かなかった。

超次元空間での戦いのさなか、コア・ミュータントに寄生されていた影響で、イヴの中にわずかに残ったミュータントの細胞が彼女の体を浸蝕し始めたのだ。

ジェイソンはイヴの治療に尽力するが地球では有効な治療法を見つけることができず、新たに開発した機体“Ｇ－ソフィア”で、イヴ・フレッドと共に地球を飛び立ったのだった。

―イヴの生まれ故郷である“惑星ソフィア”に、きっと彼女を救う方法があると信じて。