로봇 공학 분야에서 명성을 떨친 천재 소년, 제이슨 프러드닉. 어느 날, 제이슨은 정체불명의 생물 "프레드"를 쫓다 들어간 지저 세계에서 한 차량을 발견한다.

초행성간만능전투차량 "소피아-Ⅲ". 지구 밖의 기술로 만들어진 그 차량은 땅속에 터를 잡은 수수께끼의 뮤턴트에 맞설 유일한 수단이었다.

소피아-Ⅲ를 타고 프레드를 찾아 모험하던 중, 제이슨은 소피아-Ⅲ의 서포트로이드인 "이브"를 만난다. 프레드를 수색하며, 뮤턴트와 싸우며 협력하던 두 사람 사이의 유대감은 깊어만 갔고 결국, 초차원 공간에서 코어 뮤턴트를 쓰러뜨려 그 위협으로부터 지구를 구해 냈다.

──그러나 그들을 찾아온 평화는 오래가지 않았다.

초차원 공간의 싸움이 한창이던 그때, 코어 뮤턴트에게 기생당한 영향으로 이브의 안에 희미하게 남아 있던 뮤턴트 세포가 이브의 몸을 침식하기 시작한 것이다.

제이슨은 이브를 치료하기 위해 애썼지만 지구에서는 효과적인 치료법을 찾지 못한 채 새로 개발한 차체 "G-소피아"를 타고 이브, 프레드와 함께 지구를 떠났다.

──이브의 고향인 "a 소피아"에 이브를 구할 방법이 분명 있으리라 믿으며.