―地下で蠢く謎の存在を知らずに。―それから数百年後。ロボット工学の分野で名を馳せる天才少年、ジェイソン・フラドニック。彼はある日、見たこともない生物を発見した。 どの資料にも記載されていない生物に好奇心を刺激されたジェイソンは、その生物に「フレッド」と名付け調査を開始するが、時をおかずして逃げられてしまう。ジェイソンはフレッドを追い、かつて人類が暮らした地下の世界へと足を踏み入れることとなった。そこで１台の車両と邂逅する。「ソフィア-Ⅲ」と刻まれたその車両は、彼の搭乗を促すかのようにコックピットを開けた。ジェイソンはフレッドを連れ戻すため、ソフィア-Ⅲに乗り込み、冒険へと旅立つのだった。―近未来の地球。多様な生物が共存している緑豊かな惑星であったが、大規模な戦争と環境破壊により氷河期が到来し、人類は地下への大規模移住を余儀なくされた。長く続いた氷河期の終わりと共に、人類は地下での研究を元に地球を緑豊かな惑星へと復元する計画を開始。同時期に謎の彗星が地球に落下するというアクシデントが起こるものの、生態系の復元は順調に進み、人類は地上で暮らすことができる環境を取り戻した。