在機器人工學領域遠近馳名的天才少年──傑森‧弗拉德尼克。某天他追著神祕生物「弗瑞德」闖進了地底世界，並發現１台車輛。

超惑星間萬能戰鬥車輛「蘇菲亞－Ⅲ」。以地球外的科技所製作的這台車輛 是對抗盤踞在地底的神祕變異體 唯一的手段。

搭上蘇菲亞－Ⅲ 展開尋找弗瑞德的冒險途中，傑森和蘇菲亞－Ⅲ的輔助仿生人 「伊芙」相遇了。在搜尋弗瑞德以及與變異體戰鬥的過程中，兩人互相協助，雙方的羈絆逐漸加深。最後在超次元空間打倒變異體核心，從其威脅中拯救了地球。

───然而，他們安穩的日子並沒有持續太久。

由於在超次元空間戰鬥時 被變異體核心寄生的影響，殘留在伊芙體內為數不多的變異體細胞 開始侵蝕她的身體。

傑森雖然竭盡所能治療伊芙，但是地球上找不到有效的治療方法，因此搭上新開發的機體「Ｇ-蘇菲亞」和伊芙與弗瑞德一同離開了地球。

──他們相信伊芙出生的故鄉「蘇菲亞星」一定有拯救她的方法。